RESEARCH NOTES
三维基因组与数据工程文章
从Hi-C矩阵、文件交付、参考版本和AI结构识别进入具体问题。文章按发布日期从新到旧排列，不使用编号装饰。
Hi-C矩阵
Hi-C接触矩阵为什么不能只看颜色深浅
热图颜色同时受到测序深度、分辨率、距离衰减和标准化方法影响，深色区域不自动等于更强调控。
数据传输跨区域传输FASTQ与BAM文件时如何验证完整性
文件能够打开不代表内容完整，摘要值、文件大小、读段数量和索引关系需要分层核对。
数据工程HDF5为什么适合存储大型染色体接触矩阵
HDF5的价值不只是压缩，而是把分层数据、元数据和局部读取放进同一个可管理容器。
三维基因组A/B区室如何反映染色质开放与压缩状态
A/B区室来自接触模式的整体分解，不是固定不变的染色体标签。
结构分析TAD边界改变是否一定代表调控关系变化
边界强度来自局部接触方向与绝缘程度，变化可能有生物意义，也可能来自分辨率和算法条件。
版本治理不同参考基因组版本为什么不能直接混用
坐标看起来相同，实际可能指向不同序列、缺口和染色体命名体系。
AI与矩阵AI如何识别Hi-C矩阵中的异常结构
模型可以定位不寻常纹理，但异常来自生物变化、技术噪声还是数据处理，仍需实验上下文判断。